او یکشنبه‌شب چند ساعت پس از استیضاح وزیر اقتصاد، فرصت را مغتنم شمرد و در حالی که قانوناً چند ماه قبل از معاون راهبردی کناره می‌رفت، ادعا کرد که به توصیه رئیس دستگاه قضائی و به خاطر مصلحت به دانشگاه برمی‌گردد! این در حالی است که برای تمکین به قانون صریح، هیچ نیازی به ملافات با رئیس دستگاه قضائی نبود و ظریف با این لحاجت فقط خواسته هزینه‌تراشی و زحمت‌آفرینی هم بکند.
ظریف با تظاهر به استعفا نوشت: «گرچه در شش‌ماه گذشته با سخیف‌ترین توهین‌ها، افتراها و تهدیدها نسبت به خود و خانواده‌ام رو‌به‌رو بودم، و حتی در درون دولت نیز تلخ‌ترین دوران خدمت چهل‌ساله را گذراندم، اما به امید خدمت ایستادگی کردم. اهل فرار از سختی‌ها و دشواری‌ها در مسیر خدمت به این مرز و بوم نبوده و نیستم و در چهل‌واَندی سال گذشته، چه بسیار توهین‌ها و افتراها را برای نقش اندکی که در پیشبرد منافع ملی از پایان دادن به جنگ تحمیلی تا به سرانجام رساندن پرونده هسته‌ای داشته‌ام به‌جان خریده و برای خدشه‌دار نشدن منافع کشور در برابر سیل دروغ و تحریف دم فروبسته‌ام.دیروز به دعوت ریاست محترم قوه قضائیه به دیدار ایشان رفتم. در این دیدار، ایشان با اشاره به شرایط کشور توصیه کردند که برای پیشگیری از فشار بیشتر بر دولت، به دانشگاه بازگردم. بنده نیز بی‌درنگ پذیرفتم که همواره خواسته‌ام یار باشم و نه بار. با سپاس فراوان از ایشان که بار مسئولیت در برابر خدا و مردم را از دوش بنده برداشتند، امیدوارم با کنار گذاشتن بنده، بهانه‌ها برای سنگ‌اندازی در برابر خواست مردم و موفقیت دولت برداشته شود. هنوز به پشتیبانی از دکتر پزشکیان گرانقدر می‌بالم و برای ایشان و دیگر خدمتگزاران راستین به مردم بهترین‌ها را آرزومندم».
ادعای استعفا و ارجاع ماجرا به دیدار با رئیس دستگاه قضائی در حالی است که ظریف طبق استعلام اولیه و به خاطر منع قانونی، مجاز به تصدی مسئولیت دولتی نبود و با این همه بر ماندن در این پست اصرار کرد. حالا هم درواقع مجدداً به وی ابلاغ شده که قانوناً نمی‌تواند در این سمت باشد.
نکته قابل‌تأمل اینکه ظریف پیش از این هم مقارن با معرفی کابینه به مجلس از سوی آقای پزشکیان، مدعی استعفا شده و چنین وانمود کرده بود که در واکنش به لیست استعفا می‌دهد و نه به خاطر منع قانونی!
او آن زمان در متنی مبهم و بی‌آنکه به پاسخ منفی استعلامش اشاره کند نوشته بود: «از ۱۹ وزیری که امروز معرفی شدند، ۳ نفر نامزد نخست، ۶ نفر نامزد دوم یا سوم، و یک نفر، نامزد پنجم کمیته‌ها و یا شورای راهبری بودند... در کنار مشکلات دیگر، برای بنده ادامه راه در دانشگاه را رقم زد. در پیشگاه مردم بزرگ ایران برای ناتوانی خود در پیگیری امور در دالان‌های سیاست داخلی پوزش می‌خواهم».ظریف با تظاهر به اینکه از کابینه پیشنهادی راضی نیست، ژست استعفا از معاونت راهبردی را گرفت. (هرچند که علت اصلی ناراحتی وی، ممنوعیت قانونی ناشی از تابعیت دوگانه فرزندان بود). اما بعدها اذعان کرد: «بنده و همکارانم در شورای راهبری و کمیته‌ها افتخار داریم که نزدیک به ۷۰درصد وزرا و معاونین رئیس‌جمهور و بسیاری از معاونین وزرا و سازمان‌ها نتیجه پیشنهادهای کارشناسی این روند بود. پس از پیگیری‌ها و رایزنی‌های مدبرانه ریاست محترم جمهوری و با دستور کتبی ایشان، انجام وظیفه در معاونت راهبردی را ادامه خواهم داد».
گفتنی است که ظریف مجموعاً در دولت‌های پزشکیان و روحانی هفت بار مدعی استعفا شده و با این وجود به سر کار خود برگشته است. اما این بار موضوع استعفا (امر ارادی و نمایشی) در کار نیست بلکه او در واقع از ابتدا تصدی غیرقانونی در معاونت راهبردی داشته است. این رفتار غیرقانونی علاوه بر رفتار مجرمانه در انتصاب برخی مجرمان و محکومان امنیتی به عنوان معاون و قائم‌مقام است.