حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در این نماز، عباراتی را به کار بردند که به همین شهدا اختصاص داشت. عبارات خاص ولی امر مسلمین در اقامه نماز بر پیکر شهدای سرافراز اسلام به شرح زیر است:
اللهم ان هولاء المسجون قدامنا عبادک و ابن عبادک
(خدایا این افراد در کفن پیچیده شده مقابل ما، بندگان تو و فرزندان بندگانت هستند)
وابن إمائک، نزلوا بک، وانت خیر منزولٍ به
(فرزند کنیز توست، نزد تو آمده‌اند و تو بهترین کسی هستی که نزدش می‌روند)
اللهم انهم محتاجون الی رحمتک وانت غنی عن تعذیب عبادک
(خدایا آنها محتاج رحمت تو هستند و تو از عذاب بندگانت بی‌نیازی)
اللهم ان کانوا محسنین فزد فی احسانهم وان کانوا مسیئین فتجاوز عنهم
(خدایا اگر نیکوکار بودند، به احسان‌شان بیفزا واگر گناهکار بودند، از آنان درگذر)
اللهم انّا لا نعلمُ منهم الا خیرا (سه بار تکرار) وانت أعلم بهم منّا
(پروردگارا، ما جز نیکی از آنان سراغ نداریم و تو از ما به آنان داناتری)
اللهم صلی علی محمد و ال محمد
اللهم أدخلهم فی رحمتک و رضوانک
(خدایا آنان را مشمول رحمت و رضوان خود بفرما)
اللهم انک تَوَفّیتَهم مُتلطِخین بدمائهم فی سبیل رضاک؛ مستشهدین بین ایدیهم، مخلصین فی ذلک لوجهک الکریم، اللهم فاعلِ درجاتهم
(خدایا تو وقتی جان آنان را گرفتی که آنان در راه رضای تو در خون خود غلتیده بوده و مخلصانه برای خاطر وجه کریمانه تو، به شهادت رسیده بودند. خدایا بر درجاتشان بیفزا)
واحشرهم مع محمد وآله الطاهرین
(آنان را با محمد وآل طاهر او محشور کن)
والحقنا بهم وارزقنا الشهادة فی سبیلک یا مولای
(و ما را به آنان محلق و شهادت در راه خودت را روزی‌مان کن سرورم)
الحمد لله الذی اکرم المستشهدین فی سبیله
شکر خدایی را که شهدای راه خود را گرامی داشت
الحمد لله الذی رزقنا الشهادة فی سبیله
شکر خدایی را که شهادت در راه خودش را روزی ما کرد
الحمد لله الذی رزقنا الجهاد فی سبیل الاسلام (الله اکبر)
شکر خدایی را که که جهاد در راه اسلام را روزی ما کرد.