جدی‌ترین تاکتیک سازمان منافقین برای زمینه‌سازی براندازی حاکمیت انقلاب «خط نفوذ» در نهادهای حاکمیتی، تصمیم‌گیر و هدایت کننده انقلاب بود. مهمترین نهادهای هدف نفوذ برای منافقین را می‌توان نخست وزیری، سپاه پاسداران، کمیته‌های انقلاب، وزارت‌خانه‌های مهم، مجلس شورای اسلامی، دفتر مراجع مهم و تصمیم‌گیر، شورای امنیت ملی و حزب جمهوری اسلامی به عنوان یکی از مراکز تجمیع یاران اصلی انقلاب دانست.
هر چند متأسفانه برخی تلاش‌های این گروهک تروریستی برای نفوذ به نتیجه نشست و در فاز حرکت مسلحانه نیز فجایع جبران ناپذیری را به بار آورد، اما منافقین برای نفوذ در بسیاری از نهادها نیز کمترین موفقیت را داشتند که یکی از نمونه‌های روشن آن سپاه پاسداران انقلاب اسلامی بود.
مجلس شورای اسلامی نیز با وجود آنکه ساختاری انتخابی داشت، به عنوان یکی از اهداف مهم نفوذ سازمان مطرح بود به طوری که در اولین دوره انتخابات مجلس در بهمن و اسفند ۵۸ در تمامی شهرها نمایندگانی از سوی سازمان منافقین معرفی شدند که البته با هوشیاری مردم هیچکدام از این نمایندگان به مجلس راه نیافتند.
اما با این حال باید اعتراف کرد که سوابق سیاسی و تجربه مبارزاتی سران سازمان به آنها کمک کرد که در برخی نهادها تا سطوح بالایی نفوذ کنند.
سرانجام ناکامی‌های منافقین در دستیابی به قدرت آنها را وارد فاز نظامی یا همان ترور و جنایت کرد که از همان روزهای ابتدایی انقلاب نیز برای آن برنامه‌ریزی کرده بودند. هرچند مسعود رجوی سرکرده منافقین ادعا داشت رفتار نظام با این گروه سبب ورود آنها به مبارزه قهرآمیز شده، اما انبارسازی سلاح و مهمات از اسلحه‌خانه‌های مراکز نظامی در روزهای ابتدایی انقلاب مؤید این نکته است که آنها از همان اولین روزها برای ورود به فاز ترور و جنایت برنامه داشته‌اند.
مسعود رجوی برای براندازی انقلاب اسلامی جدول زمان‌بندی نیز ارائه کرد که حکایت از اطمینان او برای دستیابی به نتیجه داشت. در جدول براندازی رجوی که درواقع همان مراحل فاز نظامی را تشکیل می‌داد، مرحله اول بی‌آینده کردن نظام نام داشت و از ۳۰ خرداد ۶۰ شروع شد و تا تابستان ۶۱ طول کشید.
در این مرحله قرار بر این بود تا با ترور مسئولین نظام، ثبات و آینده انقلاب از میان برود و به جای آن قرار بود تا سازمان به عنوان جانشین اداره نظام و انقلاب معرفی و تثبیت شود. منافقین در این مرحله از نفوذی‌های خود که از روزهای ابتدایی انقلاب موفق به ورود به نهادها و ساختارهای اصلی و حساس نظام شده بودند بیشترین استفاده را کردند.
به عبارت دقیق‌تر نفوذی‌های منافقین در بخش‌های مختلف نظام ابتدا وظیفه داشتند تا نهاد و مرکز مورد نظر را در جهت اهداف سازمان هدایت کنند و در مواردی که به نتیجه نمی‌رسید، خط ترور در دستور کار آنها قرار می‌گرفت.
حزب جمهوری اسلامی ایران یکی از مهمترین مراکزی بود که سازمان موفق شد یکی از عناصر خود را در آن نفوذ دهد. البته ساختار مردمی حزب جمهوری اسلامی که در شهرهای مختلف دفتر داشت و از مردم برای مشارکت در امور سیاسی و تصمیم‌گیری در انقلاب دعوت می‌کرد نیز از دلایل موفقیت سازمان برای نفوذ بود.
حزب جمهوری به هیچ عنوان ساختار پیچیده‌ای برای عضویت نداشت و درهای باز آن به روی همه مردم درواقع فرصتی برای کسانی بود که می‌خواستند در موضوعات سیاسی وارد شده و فعالیت کنند.
عامل نفوذی و اجرای عملیات تروریستی در دفتر حزب جمهوری اسلامی محمد رضا کلاهی صمدی نام داشت. وی در سال ۱۳۵۷ به سازمان منافقین پیوسته بود. کلاهی از جمله افرادی بود که از همان ابتدای جذب توسط سازمان برای نفوذ در مراکز حساس نظام انتخاب شده بود و به همین دلیل نیز با دستور سازمان هیچ‌گاه عضویت وی در تشکیلات منافقین علنی نشد. وی ابتدا در انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه علم و صنعت عضویت داشت و پس از مدتی با خط دهی سازمان از انجمن اسلامی جدا شد.
با هدایت سازمان، کلاهی توانست خود را وارد کمیته انقلاب اسلامی ولیعصر تهران در خیابان پاستور کرده و از آنجه نیز توانست به حزب جمهوری اسلامی وارد شود. رفتار برنامه‌ریزی شده کلاهی برای جلب اعتماد باعث شد تا کم‌کم به عنوانی جوانی با انگیزه و معتقد در تشکیلات حزب جمهوری اسلامی رشد کرده و در نهایت به سِمت مسئولیت دعوت‌ها برای کنفرانس‌ها، میزگردها و جلسات برسد.
همانطور که گفته شد، حزب جمهوری اسلامی به راحتی پذیرای جوانان حزب‌اللهی بود و از علاقه آنها برای ورود به سیاست استقبال می‌کرد. برخی از افراد جذب شده در حزب حتی از طریق پر کردن یک برگ فرم در مساجد و بدون تشریفات یا اخذ استعلامی به این کار مبادرت می‌کردند.
مرحوم هاشمی رفسنجانی در رابطه با شرایط ساده عضویت در حزب جمهوری اسلامی می‌گوید: «…یک فرد ظاهرالصلاح مانند کلاهی به راحتی می‌توانسته در این تشکیلات جلب اعتماد کند و پس از مدتی خودش را به مدارج بالای حزب و جلسات مهم محرمانه آن برساند.»
علی موسی رضا از اعضای گزینش حزب در دفتر تهران و از حاضرین در صحنه انفجار دفتر حزب که با کمک امدادگران زنده مانده است در رابطه با شیوه گزینش حزب جمهوری اسلامی می‌گوید: «در گزینش اعضای حزب سختگیری کامل داشتیم. اینطور نبود که حزب تشنه عضو جدید باشد. اینجانب به عنوان یکی از اعضای گزینش دفتر تهران شاهد رعایت همه نکات گزینشی بودم. پرسشنامه دقیق و جامعی تهیه شده بود که افراد به هنگام ارائه درخواست عضویت آن را تکمیل می کردند. ما برای تحقیق به محل سکونت و کار آنها می‌رفتیم، با این وجود جریان نفاق که تشخیص آن بسیار مشکل است، با هدف تخریب و ضربه زدن وارد حزب شده بود و محمد رضا کلاهی که یکی از این افراد بود توانست وارد حزب شود و آنگاه آن جنایت هولناک را رقم بزند.»
مسئول مستقیم محمد رضا کلاهی در سازمان منافقین یکی از افراد رده بالای کادر مرکزی سازمان به نام هادی روشن روان با نام مستعار مقدم بوده است. محمد رضا کلاهی برای همه اقداماتش از محل زندگی، رفت و آمد، شیوه لباس پوشیدن و برخورد، ارتباط‌گیری و هر فعالیت دیگری توسط مسئول مستقیمش هدایت می‌شده و پیوسته با وی هماهنگی می‌کرده و گزارش می‌داده است.
وی از اول آذر ۱۳۵۹ در خانه فردی به نام سید عباس مؤدب صفت به عنوان مستأجر سکونت داشته و به صورت انفرادی زندگی می‌کرده است. کلاهی هر روز صبح ساعت هفت از خانه خارج و هر شب ساعت ۸ به خانه باز می‌گشته است. وی بر اساس آموزش‌هایی که از سازمان دریافت کرده بود در همه رفت و آمدها خودش را چک می‌کرده است تا مطمئن شود هیچ‌گاه تحت تعقیب نیست یا کسی به وی مشکوک نشده باشد.
شیوه رفت و آمد و زندگی کلاهی که از مدت‌ها قبل توسط هادی وی در سازمان منافقین مدیریت می‌شده است، درواقع عاملی بود که تحقیقات نه چندان پیچیده حزب برای جذب را پشت سر بگذارد.
علی موسی رضا در مورد گزینش کلاهی در حزب جمهوری اسلامی می‌گوید: «در مورد کیفیت آن اطلاع دقیقی ندارم و تصورم بر این است که قبل از معمول شدن مراحل گزینش وی جذب شده بود. کلاهی توانست با فعالیت‌های تصنعی خستگی ناپذیر و تلاش‌های ظاهری و ریاکارانه نظر مسئولین حزب را جلب کند و به اندازه‌ای پیش رفته بود که کارگردانی جلسات هفتگی مسئولان سه قوه حزب مانند دعوت، دستور جلسه و پذیرایی را بر عهده بگیرد… به خاطرم هست که کلاهی ملعون مقابل درب ورودی جلسات می‌ایستاد و اگر کسی کارت دعوت نداشت با جدیت که آنهم از روی نفاق بود، مانع از ورود افراد به جلسات می‌شد.»
ساختمان محل برگزاری جلسات حزب جمهوری اسلامی در تهران برای ورود و خروج افراد مراقبت‌هایی را نیز در نظر گرفته بود، اما کلاهی نیز برای عبور از این مراقبت‌ها و انتقال بمب به داخل ساختمان حزب آموزش دیده و برنامه‌ریزی کرده بود.
به گفته شاهدان عینی و نگهبانان، کلاهی همواره یک کیف سامسونت همراه داشت که مدارک و قرارهای مربوط به جلسات حزب را با آن حمل می‌کرد. وی چند روز قبل از انفجار کیف سامسونتش را عوض کرده بود و کیفی بزرگتر را حمل می‌کرد. این کیف بزرگتر می‌توانسته محلی برای انتقال تجهیزات بمب به داخل ساختمان حزب باشد.
وی اساساً رفت و آمدهای زیادی را در طول روز به داخل ساختمان حزب داشته و همین مسئله باعث آشنایی وی با پاسدارهای تأمین امنیت ساختمان حزب شده است. غیر از این سمت رسمی کلاهی در حزب که مسئولیت هماهنگی جلسات بوده است، هم از جمله دیگر دلایلی بود که سبب شده بود معمولاً در هنگام ورود بازرسی نشود.
با این حال نمی‌توان به طور قطعی در مورد ورود بمب از طریق کیف سامسونت کلاهی به داخل حزب اظهار نظر کرد و بررسی رفتارها و رفت و آمدهای وی در روزهای آخر و خصوصاً روز آخر نشان می‌دهد که کلاهی یک راه دیگر هم برای انتقال بمب به داخل ساختمان حزب در اختیار داشته است.
هر هفته جزوه‌هایی با محتوای «تحلیل درون گروهی» میان شرکت کنندگان توزیع می‌شده و به دلیل تعداد بالای جزوه‌ها، با کارتن به داخل ساختمان و محل جلسه منتقل می‌شده‌اند. این اقدام بر عهده کلاهی بوده که البته با کمک دیگران انجام می‌شده است. به گفته شاهدان آن شب کلاهی اصرار زیادی داشته که خودش کارتن‌ها را به داخل ساختمان ببرد و از میان همه کارتن‌ها یک کارتن را دقیقاً بر روی میز منشی جلسه قرار می‌دهد. تکه‌تکه شدن و مفقود شدن قطعات بدن شهید رحمان استکی منشی جلسه که پشت همان میز نشسته بود، دلیلی است که می‌تواند نشان دهد این نظریه نزدیک به واقعیت است.
لحظاتی قبل از انفجار، کلاهی سالن را به بهانه خرید پذیرایی برای جلسه ترک می‌کند و پروسه فرار وی نیز از همان لحظه آغاز می‌گردد.
کلاهی بعد از متواری شدن در خانه‌های تیمی منافقین مخفی می‌شود تا با هماهنگی عوامل سازمان از مرزهای غربی کشور خارج شده و به عراق منتقل می‌شود. هر چند خروج کلاهی از کشور به دلیل جلوگیری از دستگیری چند روز به طول انجامید و در این چند روز نیز با پخش عکس‌های وی در روزنامه‌ها از مردم برای شناسایی‌اش کمک خواسته شد و در همین مدت نیز گزارشات متعددی در مورد محل اختفای وی در مناطقی از جمله جاده چالوس، روستای سیاه بیشه، قلعه میرفتاح در اطراف همدان بدست می‌آمد، اما هیچکدام از مراجعات به این مکان‌ها نتیجه نداد و وی در نهایت موفق به فرار شد.
کلاهی فقط یک عامل نفوذی بود که با مراقبت‌های مرحله به مرحله سازمان خودش را به جلسات دفتر حزب رساند و عامل ایجاد آن فاجعه شد. در این پروسه سران منافقین بیشترین نقش را داشتند و در صحبت‌ها و گزارشات به جای مانده از آنها می‌توان ابراز خوشحالی و موفقیت زاید الوصفی را مشاهده کرد.
سران منافقین از این عملیات به عنوان نقطه پایان انقلاب اسلامی ایران یاد می‌کردند و معتقد بودند حاکمیت نظام بعد از این ضربه دیگر توان بازیابی خود را نخواهد داشت. به عنوان مثال مسعود رجوی در جمع‌بندی محرمانه یکساله اقدامات سازمان از حادثه هفتم تیر به عنوان ضربه مهلک یاد می‌کند. موسی خیابانی نفر دوم سازمان نیز در نوار تحلیل تاریخچه سازمان در وصف این حادثه می‌گوید: «… صدای مهیب انفجار درست رأس ساعت ۹ یکشنبه شب، هفتم تیرماه، بلند شد.
صدایی که نه تنها در سراسر ایران، بلکه در سراسر جهان طنین انداخت و شاید بتوان گفت که از فردای آن روز رژیم [امام] خمینی دیگر مرده است.» جالب است بدانیم موسی خیابانی این نوار را دقیقاً یک ساعت قبل از مرگش در ضربه بهمن ۱۳۶۰ سپاه به خانه تیمی محل استقرارش که اتفاقاً مرکز اصلی طراحی عملیات‌های ترور نیز بوده است، ضبط کرده است!
غیر از سران منافقین رسانه‌های غربی نیز در تحلیل‌هایی مشابه انتظار داشتند که این ضربه نقطه پایان کار جمهوری اسلامی ایران باشد. به عنوان مثال کریستین ساینس مانیتور در این رابطه عنوان کرد: «انفجار هفتم تیر امید بنیادگرایان برای تشکیل یک دولت مذهبی پس از سرنگونی بنی‌صدر را به یأس تبدیل کرد.» روزنامه دی ولت چاپ بن آلمان نیز در تحلیلی عنوان نمود: «فقدان آیت‌الله بهشتی ضربه سخت ولی غیر مهلک به روحانیت ایران بود و مردم از این رو چاره‌ای ندارند جز اینکه برای فائق آمدن بر دیکتاتوری ملاها بجنگند!» نشریه تایمز چاپ آمریکا نیز در همان زمان در این رابطه نوشت: «آیت الله بهشتی امید اصلی برای تداوم انقلاب اسلامی بود.»
بعد از حادثه هفتم تیر، ترورهای سازمان با شدت بیشتری هم ادامه پیدا کرد و فقط در یک نمونه حادثه‌ای همچون هشت شهریور را بوجود آورد که به شهادت رئیس جمهور و نخست وزیر وقت به صورت همزمان انجامید. اما با این وجود آنچه که هم منافقین و هم کشورهای غربی از نتایج ترورها انتظار داشتند حاصل نشد و بر خلاف انتظار همگان پشتوانه مردمی انقلاب اسلامی بعد از هر ترور بیشتر و با انگیزه‌تر از قبل به حمایت از انقلاب پرداخت.