در دوره آقای خاتمی پشتیبانیهای بعضی از افراد در داخل جهاد دانشگاهی از دولت آقای خاتمی و مباحث اصلاحطلبی باعث شد که دستگاههای اجرایی که باید به جهاد دانشگاهی کمک کنند و بیشتر به کارهای علمی بپردازند، به فکر تحقق اهداف سیاسی خودشان بودند.