مرحوم آیتالله سیدجعفر کریمی از مرداد ماه ۱۳۶۸ در شورای افتاء حضرت آیتالله خامنهای حضور داشتند و در سال ۱۳۷۴ کتاب استفتائات حضرت آیتالله خامنهای را تحت اشراف ایشان تنظیم میکند.
پیکر آیت الله سید جعفر کریمی پس از اقامه نماز توسط آیت الله نوری همدانی در حرم حضرت معصومه(س) به خاک سپرده شد.